El debate sobre el origen, situación e incluso orientación de la ermita de San Bartolomé, San Juan de Otero o San Bartolo como se la conoce popularmente, sigue estando aún abierto. Hay quien le atribuye un origen templario ligado al castillo que la misma Orden tenía en la cercana localidad de Ucero, una de las entradas al hoy Parque Natural del Río Lobos (Soria) donde se encuentra la ermita.
El cañón, formado por la erosión del río Lobos, se sitúa en las sierras que separan las estribaciones de la Cordillera Ibérica y la alta meseta del Duero, recorriendo más de 25 km, por las provincias de Burgos y Soria. Un itinerario que seguirían los peregrinos para conectar con la ruta jacobea del Camino de Santiago.
Precisamente según cuenta una leyenda, el apóstol Santiago tras saltar con su caballo uno de los farallones del cañón, dejó impresas las huellas del equino sobre la piedra a la vez que su espada caía al suelo, donde quedó clavada, señalando de esa manera el punto donde se levantaría la ermita.
Lo cierto es que el entorno de la ermita estuvo habitado desde la Edad del Bronce, encontrándose vestigios de presencia humana en la Cueva Grande situada junto a la ermita, y donde siglos más tarde se realizaría el culto de la Magna Mater, la Madre Tierra de origen frigio, tan extendido en Roma desde el siglo III a.C.
Un lugar mágico para muchos, con una gran fuerza telúrica y el centro del mundo para los caballeros de la Orden del Temple, ya que la distancia desde San Bartolomé, hasta los cabos de Creus (Girona) al este y Finisterre o Toruiñán (A Coruña) al oeste, es equidistante. Además si se traza una línea vertical de norte a sur, cruzándose en este mismo punto se divide la península en dos mitades, dibujándose una cruz templaria.
Muchos consideran a la ermita de san Bartolomé la obra cumbre del simbolismo templario, llena de signos esotéricos tan utilizados por las Cofradías de Constructores del Medievo.
De estilo románico o protogótico su construcción data del primer tercio del siglo XIII. Las marcas de cantería atribuyen el trabajo a aquitanos (Aquitania, Francia) en la labra de los sillares, mientras que el crismón del ábside indica, según los investigadores, que la iglesia fue construida por una cofradía de los Hijos del Maestro Jacques que perdura hoy en ese país con el nombre de Compañeros Pasantes del Deber.
Con planta de cruz latina, y ábside semicircular, el cuerpo central está formado por una sola nave sobre la que se abren los brazos del transepto, que alberga los dos rosetones que iluminan el interior, de sendas celosías caladas en forma de estrella de cinco puntas, en la que confluyen entrelazados diez corazones y un pentágono interior. Estos óculos tendrían un carácter esotérico solo accesible a los iniciados.
En el cruce de naves, el transepto es de menor altura que la nave mayor, algo inusual en una iglesia de estas características.
Su fachada protogótica, que se abre en el lado sur, presenta una arcada muy apuntada de seis arquivoltas con sobria decoración, que se sustenta en columnas de fustes muy esbeltos.
En ésta y en el brazo sur del crucero se encuentran numerosos canecillos en distinto estado de conservación: cabezas de mujeres, la letra H, un barril, un hombre con un tonel, cuatro cabezas formando una cruz… y con distintos significados: números sagrados, laberinto, el hermafroditismo del alquimista, parejas iniciáticas, el silencio…
En el interior la imagen de la Virgen de la Salud, a cuyos pies se encuentra tallada una cruz patada o cruz paté (asociada con los caballeros templarios), y que alberga en su interior una flor de seis pétalos, también llamada Flor de la Vida, un símbolo de más de 6.000 años de antigüedad presente en todas las culturas del mundo.
La tradición sostiene que en el solsticio de invierno los rayos solares que atraviesan el rosetón meridional del transepto, iluminan precisamente esta losa, que trasmite a quienes la pisan la energía de este lugar de poder.
Según algunos, esta losa, colocada en el suelo bajo la misma vertical del arco toral que da acceso a la capilla del Evangelio, no es más que un elemento de carácter funerario, al estilo de las estelas sepulcrales paleocristianas y visigodas. Sin embargo, las únicas tumbas que hay son las de los arcosolios de las capillas del transepto.
El apóstol Natanael o Regalo de Dios, llamado Bartolomé por ser hijo de Ptolomeo `el que abre los surcos´, fue objeto de fuerte devoción por los freires del Temple, que lo relacionaban con la inmortalidad ya que sobrevivió al desollamiento al que lo sometió Astiagés, rey de Armenia. El 24 de agosto día de su festividad, se organiza una romería a la ermita, y es el único día del año en el que permanece abierta.